伊吹山には、1200種に及ぶ植物が分布しています。なかには、ここを南限とする北方系のもの、日本海側に多く分布するものも自生しています。また固有種も多く見られ、イブキアザミ、イブキコゴメグサ、イブキタンポポなど、「イブキ」を冠する植物も数多く見られます。

伊吹山の花を楽しむならば、やはり夏！　山頂一帯に広がるお花畑が一気に色づく季節です。ルリトラノオ、シモツケソウ、サラシナショウマ、イブキノコゴメグサ……。さまざまな色をまとい、思い思いの姿をした花たちが、競うように咲き乱れます。お花畑のむこうはパノラマサイズの眺望。びわ湖、比良連山、鈴鹿山脈、コンディションが良ければアルプス連峰も望めます。

3合目では、ユウスゲの群生を見ることができます。夕方から翌朝までのたった半日の短いいのち。俯きかげんの黄色い花びらが幻想的で、心にしみます。ユウスゲを見るなら日没前後。びわ湖の夕景とともに楽しめます。例年7月下旬から8月初めが見ごろですが、気候によって異なりますので、お問い合わせください。

　伊吹山は「薬草の宝庫」としても知られ、麓のまちでは今も「もぐさ」などの生産が盛んです。永禄年間に織田信長のゆるしを得、ポルトガルの宗教師が伊吹山に薬草園をつくったと伝わっていますが、その位置は不明で、移植されたというヨーロッパ産の薬草も今は残っていません。しかし、イブキノエンドウ、キバナノレンリソウなど、ヨーロッパ原産の牧草が全山で見られ、「信長の薬草園」の存在に夢をつないでいます。